484.51
-0.37
518.72
-3.16
8.61
-0.05
+19
Погода в Ереване
Рус
Биологи создали алгоритм, определяющий структуру белка по фотографиям
21:12
06 Марта 2012

ЕРЕВАН, 6 мар - Новости-Армения. Американские биологи разработали специальный компьютерный алгоритм, позволяющий получить "эскиз" трехмерной структуры произвольного белка по снимкам высокого разрешения с нескольких ракурсов, говорится в статье, опубликованной в журнале Structure.

Проблема восстановления трехмерной структуры белков является одной из самых сложных вычислительных задач. Как правило, белки состоят из множества тысяч остатков аминокислот, которые могут взаимодействовать друг с другом сотнями путей. Расчет всех возможных комбинаций и поиск "правильного" варианта занимает непозволительно много времени даже у современных суперкомпьютеров. В 2008 году группа программистов и биологов из университета штата Вашингтон привлекла к этой задачи коллективный "интернет-разум", разработав компьютерную игру - белковый "конструктор" FoldIt, передает РИА Новости.

Группа биологов под руководством Мэттью Бейкера (Matthew Baker) из медицинского колледжа Бейлор в городе Хьюстон (США) разработала компьютерную программу, которая позволяет относительно быстро получать примерную структуру того или иного белка по нескольким снимкам его молекулы с разрешением в 3-8 ангстрем (десятых частей нанометра).

"Для решения этой проблемы мы позаимствовали алгоритмы, описывающие решение классической вычислительной проблемы, которая известна под названием "задача коммивояжера". По своей сути она напоминает головоломку в которой игрок должен получить картинку, соединив пронумерованные точки. Только в этом случае числа отсутствуют", - пояснила участница группы Мария Бейкер (Mariah Baker) из медицинского колледжа Бейлор.

В оригинальной задаче воображаемый торговец должен найти кратчайший маршрут, по которому он сможет обойти все нужные точки-"города" и вернуться в исходный пункт.

При увеличении числа городов до двухзначных значений задача становится не решаемой с точки зрения простого перебора значений - ее решение затянется на миллиарды лет даже на самом быстром суперкомпьютере. Поэтому большинство действенных методов ее решения относятся к числу эвристических алгоритмов - математически нестрогих методов, дающих приемлемый ответ.

Бейкер и его коллеги использовали эти методы для восстановления структуры белков, только на этот раз "торговец" путешествовал не по городам, а по соединительным мостикам между остатками аминокислот. Эти участки белковых молекул хорошо различимы на снимках, которые можно получить при помощи современных рентгеновских кристаллографов или криомикроскопов.

По словам биологов, данная методика универсальна и не требует предварительных знаний о поведении и функциях белковой молекулы, в других методов восстановления структуры белков "по фотографии".

"Это особенно важно при работе с гигантскими белковыми комплексами из 10 или 30 отдельных молекул. Вы можете знать структуру одного или двух его компонентов, но вам нужно понимать, как все компоненты структуры взаимодействуют друг с другом. И если вам удастся разделить составляющие, вы сможете использовать наш метод для получения модели всех белков в комплексе", - заключает Мэтью Бейкер.-0-

Loading...
Материалы по теме

Другие материалы раздела
15:54
20 Апреля 2017
Яндекс.Деньги посчитали расходы жителей Армении в магазинах и ресторанах
Аналитики Яндекс.Денег выяснили, сколько тратят на еду жители Армении и в какие рестораны они ходят чаще всего
12:04
20 Апреля 2017
Ученые обнаружили новую причину вымирания мамонтов (ВИДЕО)
Ученые из Австралии, Канады, Норвегии, России и США обнаружили свидетельства в пользу новой причины вымирания экосистем позднего плейстоцена, включающих в себя мамонтов.
19:38
19 Апреля 2017
Астрономы нашли гигантский двойник Юпитера
Международная группа астрономов обнаружила газовый гигант, который в три раза массивнее Юпитера
19:46
17 Апреля 2017
Физики назвали условие обнаружения землянами инопланетян
Физик Джей Олсон из Университета штата Айдахо в Бойсе (США) назвал условие для обнаружения современными жителями Земли разумных существ
14:04
17 Апреля 2017
Ученые обнаружили на юге Аргентины яйца динозавров
Внутри яиц сохранились останки эмбрионов динозавров
21:52
16 Апреля 2017
Ученые выявили секрет крепкого сна
Английский драматург Томас Деккер в XVI веке назвал сон "золотой цепью", связывающей наши тела и наше здоровье
19:39
16 Апреля 2017
Пользователь обнаружил способ включить секретный режим YouTube
Пользователь форума Reddit обнаружил скрытый темный режим интерфейса YouTube
21:27
15 Апреля 2017
На спутнике Сатурна может быть жизнь - ученые
Ученые зафиксировали геотермальные источники на спутнике Сатурна Энцеладе, способные там поддерживать жизнь
12:22
15 Апреля 2017
Ученые разработали устройство, собирающее питьевую воду из воздуха
Устройство способно давать воду при относительной влажности воздуха 20% и выше, для работы оно использует солнечный свет.
21:04
14 Апреля 2017
NASA не успеет полететь к Марсу вовремя
Корабль и ракета для полёта к Марсу будут стоить NASA 23 миллиарда долларов ещё до начала первого полёта
20:13
13 Апреля 2017
Астрономы обнаружили новую планету в Солнечной системе
Планета была обнаружена с помощью 4-метрового телескопа "Бланко", который располагается в Межамериканской обсерватории Серро-Тололо в Чили
09:28
12 Апреля 2017
Свежие фрукты могут предотвратить развитие тяжелой болезни
Ученые отмечают, что полученные ими выводы как минимум справедливы для жителей Азии