478.82
+0.2
557.59
+7.08
8.14
+0.04
+27
Погода в Ереване
Рус
Биологи создали алгоритм, определяющий структуру белка по фотографиям
21:12
06 Марта 2012

ЕРЕВАН, 6 мар - Новости-Армения. Американские биологи разработали специальный компьютерный алгоритм, позволяющий получить "эскиз" трехмерной структуры произвольного белка по снимкам высокого разрешения с нескольких ракурсов, говорится в статье, опубликованной в журнале Structure.

Проблема восстановления трехмерной структуры белков является одной из самых сложных вычислительных задач. Как правило, белки состоят из множества тысяч остатков аминокислот, которые могут взаимодействовать друг с другом сотнями путей. Расчет всех возможных комбинаций и поиск "правильного" варианта занимает непозволительно много времени даже у современных суперкомпьютеров. В 2008 году группа программистов и биологов из университета штата Вашингтон привлекла к этой задачи коллективный "интернет-разум", разработав компьютерную игру - белковый "конструктор" FoldIt, передает РИА Новости.

Группа биологов под руководством Мэттью Бейкера (Matthew Baker) из медицинского колледжа Бейлор в городе Хьюстон (США) разработала компьютерную программу, которая позволяет относительно быстро получать примерную структуру того или иного белка по нескольким снимкам его молекулы с разрешением в 3-8 ангстрем (десятых частей нанометра).

"Для решения этой проблемы мы позаимствовали алгоритмы, описывающие решение классической вычислительной проблемы, которая известна под названием "задача коммивояжера". По своей сути она напоминает головоломку в которой игрок должен получить картинку, соединив пронумерованные точки. Только в этом случае числа отсутствуют", - пояснила участница группы Мария Бейкер (Mariah Baker) из медицинского колледжа Бейлор.

В оригинальной задаче воображаемый торговец должен найти кратчайший маршрут, по которому он сможет обойти все нужные точки-"города" и вернуться в исходный пункт.

При увеличении числа городов до двухзначных значений задача становится не решаемой с точки зрения простого перебора значений - ее решение затянется на миллиарды лет даже на самом быстром суперкомпьютере. Поэтому большинство действенных методов ее решения относятся к числу эвристических алгоритмов - математически нестрогих методов, дающих приемлемый ответ.

Бейкер и его коллеги использовали эти методы для восстановления структуры белков, только на этот раз "торговец" путешествовал не по городам, а по соединительным мостикам между остатками аминокислот. Эти участки белковых молекул хорошо различимы на снимках, которые можно получить при помощи современных рентгеновских кристаллографов или криомикроскопов.

По словам биологов, данная методика универсальна и не требует предварительных знаний о поведении и функциях белковой молекулы, в других методов восстановления структуры белков "по фотографии".

"Это особенно важно при работе с гигантскими белковыми комплексами из 10 или 30 отдельных молекул. Вы можете знать структуру одного или двух его компонентов, но вам нужно понимать, как все компоненты структуры взаимодействуют друг с другом. И если вам удастся разделить составляющие, вы сможете использовать наш метод для получения модели всех белков в комплексе", - заключает Мэтью Бейкер.-0-

Loading...
Материалы по теме
Другие материалы раздела
21:03
21 Июля 2017
Ученые нашли новое эффективное обезболивающее
Исследователи провели эксперименты с сотней пациентов с хроническими болями
16:03
21 Июля 2017
Армянских бронзовых призеров олимпиады по робототехнике с ликованием встретили на Родине (ВИДЕО)
Ученики Центра креативных технологий "Тумо", занявшие третье место на международной олимпиаде по робототехнике FIRST Global, в пятницу днем прибыли в Армению
14:10
21 Июля 2017
Россия приняла закон о деятельности мессенджеров
Документ прописывает обязанности для подобных сервисов, в том числе ограничение доступа пользователей к ним и передачу электронных сообщений госорганам
19:01
20 Июля 2017
Супермодель Наталья Водянова присоединилась к команде PicsArt
Супермодель и филантроп Наталья Водянова присоединилась к команде PicsArt, крупнейшего в мире фоторедактора и сообщества креативных людей, станет директором достижений и войдет в Консультативный совет PicsArt
17:12
20 Июля 2017
Подведены итоги первых курсов "Азбука Интернета" для жителей села Амасия и города Алаверди
Завершились первые компьютерные курсы "Азбука Интернета" для жителей среднего возраста и старше 50 лет села Амасия и города Алаверди, сообщает пресс-служба компании "Ростелеком"
15:06
20 Июля 2017
Армения присоединится к соглашению о спасении космонавтов и сможет запустить собственный спутник
Правительство Армении на своем заседании в четверг одобрило присоединение страны сразу к трем соглашениям, которые связаны с космосом
10:06
19 Июля 2017
Ученые назвали "диету викингов" самой эффективной для здоровья головного мозга
Ученые из Каролинского института (Швеция) показали, что наиболее эффективной диетой для сохранения здоровья головного мозга человека является "диета викингов"
13:56
18 Июля 2017
Гематологический центр в Ереване будет применять новые методы выявления и лечения болезней
Гематологический центр им. профессора Йоляна и Центр медицинской генетики и первичного сохранения здоровья Армении подписали во вторник меморандум о сотрудничестве
15:49
14 Июля 2017
Премьер-министр Армении представил девять направлений развития ИТ-сферы страны
Премьер-министр Армении Карен Карапетян представил в пятницу девять основных направлений развития сферы информационных технологий в стране, на которые правительство будет ставить акцент в ближайшей перспективе
11:52
14 Июля 2017
Microsoft представила приложение для слепых или слабовидящих людей (ВИДЕО)
Компания Microsoft представила приложение Seeing AI, которое призвано помочь слепым или слабовидящим людям в повседневной жизни
14:16
12 Июля 2017
Американские госструктуры ограничены в использовании продукции "Лаборатории Касперского"
Администрация президента США Дональда Трампа исключила во вторник "Лабораторию Касперского" из двух списков поставщиков, чья продукция может закупаться для использования государственными структурами
20:08
09 Июля 2017
Ученые нашли революционный способ борьбы с раком
Два соответствующих исследования опубликованы в журнале Nature